孙恩之乱虽然平息，但东晋朝中矛盾却暴露无遗。士族与皇族之间矛盾激化，国家疲于应付内乱。此时刘裕所属的北府军只有两种选择，要么支持一方而为前驱，要么在无尽的战事中损耗殆尽。而孙恩之乱后元气大伤的北府军已不能选择第二条道路。
公元402年，宗室司马元显命北府军讨伐盘踞荆州的桓玄，北府军以刘牢之为首的将领选择倒戈，桓玄入建康主政，司马元显败亡。
桓玄兵入建康后，草诏封自己为诗中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧。领徐州刺史，一时间权倾朝野。桓玄掌权后一方面笼络刘裕这样能征善战的新锐军官，另一方面，削弱北府军，排挤北府军主要将领，瓦解北府军。彼时桓玄的野心已经是司马昭之心路人皆知，刘裕虽知，但时机未到，只能同桓玄虚与委蛇。
