刘基认为宋朝、元朝之所以失去天下，就是因为他们的吏治不严，所以便下令御史监督文武百官，检举弹劾，不论官职大小，一经发现做错事的，一律禀告皇太子，统统按律法处罚。当时有个叫李彬的人，是李善长的亲信，一次他贪图私利，纵容下属做了一些违法的事，可手脚不干净，被人发现了。
刘基要惩罚李彬，李善长请求他从轻发落，可刘基不听，依然派人快马加鞭禀报朱元璋。得到批准后，正在祈雨的刘基立即将李彬斩首在祭坛下。这样一来，刘基就和李善长结怨。朱元璋回来之后，李善长开始反击，他说刘基在祭坛下杀人，是大不敬，而那些一直畏惧刘基的人，此时也趁机发难，纷纷弹劾刘基。赶巧的是，刘基的奇门法术也在这个时候失去作用了。
