从左宗棠调任陕甘总督，到平定回民叛乱，一共用了6年时间，可谓一场艰苦卓绝的斗争，肃清背后的逆贼以后，左宗棠带兵进攻甘肃，在左宗棠强大的军事压力下，最终回军首领率众投降，所部被打散编入清军序列，自此，回民军的主力才算是被消灭了。
有能力的人，从来不会因为自己的一点成就而自满。平定甘肃叛乱后的左宗棠并没有沾沾自喜，而是开始教化民众，他推动甘肃和陕西的乡试、科考等教育工作，分设学政，推动西北茶政改革，镇压小股回军的叛乱，忙的不亦乐乎。在同治十四年8月，左宗棠被补授大学士头衔，同年 ，又被补为东阁大学士，这也算是帮他减少了当时朝廷腐儒们的诟病吧。
在左宗棠平定甘肃叛乱的时候，也就是同治十年，沙俄老毛子开始入侵，他们攻占了伊犁，这件事引起了大清朝廷的重视，当时就命左宗棠派兵进剿，但是由于当时跟回军战事吃紧，左宗棠回复朝廷，此时派兵，时机不佳，不稳妥。
但是到了此时，甘肃叛乱已平定，左宗棠开始了进军新疆的计划。左宗棠上书朝廷，提出要收复伊犁，就必须先克乌鲁木齐，然后大兴屯田，安抚各族，然后新疆才能全面稳定。终于，在左宗棠的一再坚持下，朝廷授权左宗棠，以钦差大臣的身份，统领新疆军务，节制新疆所有军民，择机平叛新疆。后面的事，大家都知道了，这里就不细说了。
