由于是自费留学，陈独秀在日本并未留下系统记录。在东京神田，1901年陈独秀第一次来日本时，曾在这里的中国留学生会馆登记，同时加入留学生组织“励志会”。
记者在保存于京都大学人文科学研究院的一份文件中找到了陈独秀当时登记的内容：陈乾生，光绪27年10月（旧历）来日，24岁，安徽怀宁，自费，所在学校“东京学校”。
保存于京都大学人文科学研究院的中国留学生会馆登记记录。（图片由庆应大学长堀祐造教授提供）
1902年9月，陈独秀第二次来日，与章太炎、邹容等爱国人士成立“青年会”。
1903年3月31日，他们闯入长期欺压留学生的清政府驻日留学生监督姚文甫在日本的家中，陈独秀挥剪，以“割发代首”的方式剪下姚文甫的辫子，将辫子挂于留学生会馆屋梁上。
中国留学生会馆旧照。（图片来源：长堀祐造著《陈独秀——反骨志士近代中国领路人》一书）
