当她和张佩纶相处过一段时间之后，便对他有了好感，因此两人也成就了一番佳缘。在结婚之后，虽然两人之间并没有太过轰轰烈烈的故事，但是也是举案齐眉，生活倒也算得上令人羡慕。
对于两人的生活的插曲，《涧于日记》是这样记载的："午后，与菊耦展旧藏画卷观之。菊耦以法黄石所画《海市图》及诗雄阔可爱。余则以《桃源》一幅为佳，笑曰：吾实畸人，卿其虎女也。"从鉴赏的视点看，虽然两人是各有偏好，但张佩纶以"虎女"界定之，更显其超卓不凡。
到了1901年，李鸿章病逝，而在一年多后，张佩纶也于南京病逝。此时的李菊藕才不过37岁。
张佩纶遗下一子一女，大的7岁，而小的仅2岁。男孩叫张志沂，女孩叫张茂渊。在张佩纶去世后的日子里，李菊藕只能终日致力于闭门教子。1912年，李菊藕因为染上了肺病，而病逝于上海，时年仅46岁。
