但是，与一条鞭法相比，"摊丁入亩"对大官僚、大地主利益造成的损害更大，所以"摊丁入亩"必然会激起他们更加强烈的反对。
在甄淑提出了"摊丁入亩"的建议后，齐、楚、浙等党留在朝中的残余势力转而投靠了魏忠贤，站在齐、楚、浙等党背后的大官僚和大地主则开始支持魏忠贤，他们都希望借魏忠贤之手打击东林党。
天启四年（1624年），在魏忠贤、大官僚和大地主以及齐、楚、浙等党的联合打击下，杨涟、左光斗等人遇害，东林党中坚持提高行政效率、抑制土地兼并等主张的力量遭到重创，东林党实际上已经无法再扮演大明拯救者的角色。
