而此时鞑靼迅速壮大，占据了梦草原的东部，形成以成吉思汗后代所领导的漠南家族，而瓦剌一直南迁到今天的新疆一带，然后分成了五大分支，后有一支到了中亚发展，这时的准噶尔只是其中一小部分，受分支老大和和硕特部的领导。
与此同时后金壮大，与明朝的战争进入激烈的状态，皇太极借机从漠南蒙古绕道攻打北京，漠南蒙古首先成为后金的败将，然后身居西北的和硕领部想要联合后金，攻打旁边的喀尔喀蒙古，于是就顺势也归顺了皇太极。
但是这一归顺让准噶尔部表示相当的不满，自己被和硕领部代表了，这仗都没打就投降了，准噶尔相当不服气。
