"巫蛊之祸"最初的矛头是指向卫皇后家族和太子刘据的。卫皇后与太子自杀后，巫蛊之祸理应就此结束了。但令人没想到的是，从巫蛊之祸中又牵出了一个案中案。于是巫蛊之祸进一步发展。征和三年（公元前90年）三月，武帝派遣贰师将军李广利率军出五原、御史大夫商丘成出西河、重合侯马通出酒泉击匈奴。李广利从长安领兵出征时，刘屈氂作为丞相又与李广利是儿女亲家去送行。临到渭桥相辞别时：
广利（对刘屈氂）曰："愿君侯早请昌邑王为太子。如立为帝，君侯长何忧乎？"屈氂许诺。昌邑王者，贰师将军女弟李夫人子也。贰师女为屈氂子妻，故共欲立焉。--《汉书·公孙刘田王杨蔡陈郑传》
也就是说在太子刘据死后，作为当时最高军事将领的李广利与丞相刘屈氂互相勾结，妄图立自己的外甥为太子，这很显然是非法的阴谋活动。当然没多久就被人告发了，于是在巫蛊之祸的进一步发展中，那些因攻击太子有功的如丞相刘屈氂、贰师将军李广利等人，也因搞巫蛊和与此有关联的罪行而被杀。
此外在巫蛊之祸结束后，谋反事件又不断发生。有些直接就是巫蛊之祸的产物，有些则是在这一事件的影响下发生的，诸如：马何罗与其弟马通刺杀武帝事件；公孙勇、胡倩谋反事件等等，不具体说明了。
巫蛊之祸是一个恶性政治事件，没有一点积极作用，对汉王朝可以说是一场浩劫。皇后、太子自杀，两位丞相公孙贺、刘屈氂被诛杀，两位御史大夫暴胜之、商丘成，一个自杀，一个被杀。贰师将军李广利降匈奴，所率七万大军全军覆没。江充治巫蛊刑讯逼供，"坐法而死者前后数万人"，刘屈氂与太子率军在长安大战，死者又数万人。恐怖笼罩社会，人人自危，国家遭受重大损失。而这一切的原因都是汉武帝在太子问题上首鼠两端，轻信小人之言以及愚昧的信仰。
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