但是，陈名夏一案却绝非他因言致死这么简单，背后的原因还是党争。
关于大明灭亡的原因，"明亡于党争"是重要的一条。许多人认为清朝没有党争，事实上牵涉到政治的地方从不缺少党争，只是清朝没明朝那么明显罢了。
陈名夏案也牵涉到党争，它算是个历史遗留问题，也就是晚明的南北之争。
明末东林党是以江南士大夫为主的朋党，复社也是如此，它成立的地点就是苏州尹山。清朝从辽东入关，它在关外就形成了自己的政治势力，被称为"北人"，与入关后大批投效的南方士大夫形成的"南人"政治力量相对。
陈名夏凭其威望，是南方汉族官员的首领。
"南人"与"北人"都是朋党，大家相互报团取暖，"南北各亲其亲，各友其友"，一直明争暗斗不断。
"明亡于党争"，清朝皇帝是看得很清楚的，党争无法完全避免，但要是过了头，皇帝就要杀一儆百，以免出现明朝朋党之争影响到国家政治的局面。
陈名夏就是个代表，此人"好为名高"、"性锐虑疏"、恃才凌人，四面树敌，是北人的眼中钉，有他做领袖，南北官员矛盾得不到缓解，只会日益激化。
福临确实很欣赏陈名夏的才华，但在政治面前，才华只能让位。
出面弹劾陈名夏的宁完我和刘正宗，正是辽东旧人，他们代表北方籍汉官和汉军旗的军官，弹劾的奏疏里，"留发复衣冠，天下即太平"只是幌子，陈名夏被杀真正的罪名是勾结朋党，擅权乱政。
这不方便直接说出来，但大家都心知肚明。
福临处死陈名夏，真正目的是借他的人头，杀一儆百。以此警告大家：凡是朋党勾结、希图擅权专政的满汉贵族与大臣都在儆戒之列。
效果很不错，此后党争趋于平静，虽然大臣们还是免不了结党，但谁也不敢再公开把矛盾闹大。
不过，福临毕竟赏识陈名夏的学问，当年冬天在南海子又向"北党"冯铨夸赞起陈名夏，说："陈名夏多读书，问古今事了了。即所未见书能举其名。"冯铨回答说："陈名夏于举业似所长。余亦易见。"福临沉默了一会儿，说："陈名夏终好。"
