最初，建文帝命耿炳文统帅全军，挥师北上讨伐燕王朱棣，但是没过多久耿炳文便节节败退。建文帝一看形势不好，于是临时换帅，任曹国公李文忠之子李景隆为大将军，代替耿炳文对燕军作战。
换帅的最初，战争形势稍有起色，似乎有利于南方军队，但是后来战争形势再次急转直下。
建文三年四月，建文帝担心南军主帅李景隆轻敌，于是命开国元勋徐达的长子徐辉祖率领三万京军驰援。同月，南军在白沟河之战中惨败，损失十数万，李景隆等溃逃至德州。徐辉祖率军殿后，掩护李景隆等撤回。
建文四年正月，朝廷命徐辉祖再次带兵北上。四月，与燕军大战于宿州灵壁县西南三十里的齐眉山，南军获胜，斩杀燕军骁将、蔚州卫千户李斌等。南军再次获得胜利，再加上暑热，燕军陷入窘境。
