面对《马关条约》的耻辱，光绪皇帝坐不住了。1898年，光绪帝听从康有为和梁启超的建议，实行"戊戌变法"。却遭到慈禧太后等保守派势力反对，再加上袁世凯的出卖，百日维新最终失败。慈禧太后对外宣称光绪帝因病不能处理政务，将他幽禁在西苑瀛台。
1908年，38岁的光绪帝突然去世。2008年，通过对光绪皇帝残留的一缕头发进行鉴定，证实确实死于砒霜中毒。因此，许多人推测，有可能是八国联军侵华战争时，慈禧太后感觉走投无路，也不想让光绪活着，就把他毒死了。
光绪皇帝有一位皇后，两个妃子。隆裕皇后是慈禧太后替他选的，而且据说长相比较丑，所以光绪帝对她根本没兴趣，碰都不想碰她。光绪帝唯独宠爱珍妃，每次也都临幸的是珍妃，但是珍妃依然没有怀过身孕。
