后来，吴汉率诸将击邺西（河北邯郸）一带的山贼黎伯卿等，山贼不是对手，一路逃跑，追到河内脩武（河南焦作），尽灭山贼。刘秀亲自赶来抚问慰劳。
又遣吴汉进兵南阳郡，攻取宛、涅阳(今河南南阳市西南)、郦(今南阳市北)、穰(今河南邓县)、新野诸城。收复了河大部分地区。
本来形势一片大好，但吴汉此时犯了一个错误，在南阳地区，放纵部下劫掠乡里，致使民怨沸腾，看不惯吴汉这种作法的邓奉因此直接自立了。邓奉的这一反，搞的刘秀很是恼火，派了几路军都没能剿灭，最终第二年刘秀在灭了西边的赤眉军后，亲征才将邓奉诛杀。
虽然吴汉有错误，但是在当时的情形下，为了让士兵有动力打仗，劫掠有时也是不得已的事情。吴汉因此也并没有受到过多的指责，不久，刘秀就命令吴汉南下。吴汉与秦丰（一支农民军）交战，大破秦丰; 又与偏将军冯异击溃铜马、五幡等农民军。
第二年春，吴汉与骠骑大将军杜茂、强弩将军陈俊等人率汉军在广乐包围了苏茂（又一支农民军）。
