神宗万历初年，张居正与宦官冯保合谋逐高拱。当时神宗年幼，张居正得到当时摄政的神宗生母李太后的完全信任，一切军政大事均由他主持裁决，前后当国十年，实行了一系列政治经济改革措施，收到一定成效。
《明史纪事本末》一书中记载，万历五年张居正父亲去世。按官制应守孝三年，但是张居正在明神宗的支持下提出夺情，一时间遭到多方面的剧烈攻击。为了使改革顺利进行，张居正不守孝，杖罚领头反对的官员，强力压制反对意见。最终事态平息，但张居正也受到了大多数官员的敌视和非议，落上了贪权不孝的骂名。
万历七年时，神宗因夜与宦官张鲸游玩时行为不检，遭到李太后训斥，张居正为皇帝写了罪己诏，由此埋下日后的祸根。一次神宗在读《论语》时，误将"色勃如也"之"勃"字读作"背"音，张居正厉声纠正："当作勃字！"声音太大，吓得神宗惊惶失措，在朝的大臣无不大惊。晚年张居正的权势之大，连皇帝都有所忌惮。《张居正大传》中记载，通州县知县张伦为了迎合张居正，拍足张老太太马屁，老太太对张居正说："一路烦热，到了通州一憩，才有如游清凉国。"张居正提拔张伦为户部员外郎。对于晚年的生活有人指责其骄奢、专权，两个儿子分别中状元、榜眼，也被世人所议论不休。
