这是为什么呢？原来，榜单上的人全部都是南方士子，北方考生全军覆没。北方举子们自然不能答应，他们纷纷向上递交文书，要求彻查。而监察御史也闻风而动，向刘三吾等提出了质疑。消息传到朱元璋耳朵里，朱也有些奇怪，可刘毕竟德高望重，所以朱又不好当面盘问，左思右想，朱决定再派人配合查阅这批试卷，以平息众怒。
不久，复查结果出来了，复查的官员不仅极力维护刘考核的公正性，还选了几张作答不佳的试卷交朱元璋查验。北方士子的抗议似乎成了诬告。朱元璋龙颜大怒
此时的朱元璋已是风烛残年，处理起来政务有些力不从心了。不过，朱元璋老是老，却并不傻。开国以来的近30年里，不计其数的权力斗争已让他的性格变得多疑暴躁。当得知官员的报告后，朱厉声斥责其瞒报不实的行为，并分别加予重刑，身为主考的刘三吾，也卷铺盖被发配西北。
处理完这批官员后，朱又亲自上阵，对考生进行选拔。朱深知刘三吾等人的行为并不是一个孤立的现象，而是反映出了南方士人群体对皇权的挑战。所以在策问过程中，朱有意偏袒北方士人，并使北方士子占据了榜单。这便是轰动朝野一时的"南北榜案"。
