由于在工作中表现突出，阿克敦身上潜藏的能力被康熙皇帝发现，于是康熙认为阿克敦"学问优"，提拔他为侍讲学士。在那以后的阿克敦，一直从事礼部的事务，直到康熙驾崩，雍正继位，他才兼任"国子监祭酒"，成为全国最高学府的一把手。雍正四年，广州军中常常发生恶行事件，那些武官出身的将军无法有效管理军队，于是雍正派遣阿克敦前往广州，担任广州将军一职，以"文"治"武"。
在此期间，阿克敦由于性子耿直，看见军中一些违法乱纪的事，直接严肃处理，但其中不乏有一部分官宦子弟，其家族背景都是广州地区的大官，在阿克敦治理期间，他们忍气吞声，直到阿克敦转任广西巡抚，广东的大官们纷纷污蔑阿克敦在广州期间索取"规礼"之事。再加上有官员诬告阿克敦包庇贪赃的下属，最后他被判为"斩监侯"。不过，苏北水道疏浚工程只有阿克敦才能治理，在交给雍正皇帝一份完美的"答卷"之后，阿克敦免于死刑。
待到乾隆登基，阿克敦上任刑部尚书，不料乾隆皇帝在查看册文之时，发现阿克敦将满文"皇妣"译为"先太后"，乾隆帝大怒不已，让阿克敦殿外等候。谁知阿克敦没有侯旨就退出宫殿，乾隆大怒，按照大不敬罪名，再判其"斩监侯"。虽然经过大臣们的证明，阿克敦并没有翻译错，可是乾隆帝心中不悦，仍在五月宣布阿克敦"论斩"。不过六天之后，又把他放出监牢。阿克敦一生三次被判死刑，却始终被三任皇帝重用，直到退休，他仍旧是荣耀加身。
