而恰在此时，皇太极又坐不住了，避开了袁崇焕的防御，从蒙古绕道入关，率军直逼京师。袁崇焕得知清军入关的消息，心急如焚，立即亲率精锐，马不停蹄，救援京师。在广渠门外，经过一场恶战击退清军。崇祯自然十分高兴，连忙犒赏三军，还把各路勤王军队统归袁崇焕调度。而袁崇焕想入城修整，被崇祯坚决拒绝了，只好移师城外驻防。此时这对君臣已经貌合神离了。
崇祯为什么不顾大明江山安危，执意要杀了袁崇焕？
皇太极画像
皇太极又遇到老对手，心中对他又恨又怕。于是他想了一个阴招，决定利用崇祯帝多疑的性格，除掉这个心头大患，于是上演了一出效仿三国周郎的反间计。起初，崇祯帝是半信半疑的状态，但是他听到两名从清营逃回来的宦官报告说，他们亲耳听见清军将士议论，说袁崇焕已与皇太极议和，不久将献出北京城。
此时的崇祯对袁崇焕是彻底丧失了信心，对此深信不疑。趁召见袁崇焕时，趁其不备将他抓捕入狱。并以谋叛欺君罪将袁崇焕处以磔（zhé）刑。磔刑是一种酷刑，割肉离骨，断肢体，再割断咽喉。可惜啊，袁崇焕忠心报国，却只能含恨九泉了。
崇祯的多疑猜忌，他的轻率决定，等于是自毁长城，加速了明王朝的灭亡。包括后来战死的孙传庭，崇祯不但没有封赏，却认为孙传庭诈死潜逃。《明史》称"传庭死，而明亡矣"。
