袁崇焕曾经承诺崇祯于五年之内收复辽东，但后来迟迟不能兑现，这让对袁崇焕寄予厚望的崇祯感到十分的失望，袁崇焕的不谨慎为自己埋下了祸根。其次袁崇焕行为鲁莽，其中最具代表性的是杀了毛文龙，毛文龙虽然是个贪功，不受节制之人，但是他的存在的确起到了牵制清兵的作用。
毛文龙死后辽之东南战场从鸭绿江到旅顺的主要城镇及属国朝鲜，先后被后金占领明朝痛失大片领土，这些都是让崇祯心中不满袁崇焕，历经多次战败的明朝需要的是休养生息，这时最好的办法就是战守，但是一贯以天朝自居的明朝是不会接受这样的建议，所以当袁崇焕提出议和时更让崇祯反感，后来虽然争得了崇祯的认同，但是作为一个皇帝并不希望看到别人自己和后金的对话。所以袁崇焕和皇太极议和的书信，都是私下往来的，这样的行为很容易让人抓到把柄大做文章。
崇祯三年皇太极率精骑十万，绕道察哈尔避开袁崇焕把守的防线进入中原，在他们攻占遵化之后得到消息的袁崇焕急忙赶来增援，于是后金的军队改道进攻京师，袁崇焕又急忙赶到京城。历经艰苦战争，终于赶走了皇太极的大军，但此时护城有功的袁崇焕并没有被理解反而被诬告。有人认为后金大军是因为袁崇焕的关系才得以攻入中原，更有传言认为正是袁崇焕将清兵引入京城。此时皇太极的反间计更是将崇祯的怀疑推到了最高点。不久袁崇焕便以投敌叛国罪被凌迟处死。
