朱元璋信了刘基的话，派他去查牢监里关的犯人。刘基一查，果然有不少冤案。他向朱元璋奏明后，平反了冤案，把错抓的人放了。
求雨和平反本来是毫不相干的两码事。刘基也不可能有求雨的法术。不过他懂得天文，可能观测到气象要发生变化，就借这个机会劝谏朱元璋平反冤案。果然，不出几天，乌云密布，接着就下了一场透雨。刘基趁朱元璋高兴的时候，又劝他制定法律，依法办事，防止错杀无辜的人。
朱元璋登上皇位以后，刘基做御史中丞，负责司法工作。刘基严格执法。有一次，丞相李善长的一个亲信犯了法。李善长是明王朝开国功臣，又是朱元璋的同乡，势力很大。但是，刘基不顾李善长的阻挠，奏明朱元璋，把那个亲信杀了。这件事当然招来了李善长的怨恨。
正巧这一年，京城又逢到大旱，朱元璋十分着急。刘基乘机跟朱元璋说："战争中的死亡将士，他们的妻子需要抚恤；一些在筑城中死亡的工匠，尸骨还暴露在田野上，没人收埋。把这些事办了，说不定能下雨。"
朱元璋一心求雨，很快批准了刘基的要求，抚恤了将士妻子，掩埋了工匠的尸骨。刘基虽然办了一件好事，但是靠这种办法劝谏，毕竟靠不住。这一次，他的预测不准，过了十天，还是烈日当空，一滴雨也没下。
