弘光朝廷灭亡后，南明又相继成立了鲁王政权和唐王政权。此时的马士英几乎成了"过街老鼠，人人喊打"，但他并没有因此投降清廷。根据清朝官方档案证明，马士英曾参加过鲁王政权组织的渡钱塘江攻余杭、富阳以及攻打杭州等战役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，不久被清军俘虏，英勇就义。这样的一位人物，就算不能像史可法那样被世人称颂为英雄，但怎么也不至于将其称之为奸臣。
那么，马士英为什么会成为明朝历史上大名鼎鼎的奸臣呢？这就要提到被称为"清初三大思想家"之一的黄宗羲了。黄宗羲的父亲是"东林七君子"之一黄尊素，黄宗羲本人则是复社中的核心成员。他所身处的阵营决定了他对马士英的判断。
清朝康熙十八年（公元1679年），清廷正式开始纂修《明史》。黄宗羲身为当世大儒受到邀请，黄宗羲曾发誓不侍奉清朝，因此托病不肯出山。但修撰《明史》是他毕生的梦想，所以也不愿意因此放弃机会。于是黄宗羲派自己的弟子万斯同、万言，以及儿子黄百家前往京城，以布衣身份参与修撰。
虽然万斯同在名义上是布衣，但却是《明史》的实际总纂。而万斯同的绝大部分观点又出自于黄宗羲，因此《明史》中将谁定义为忠臣，将谁定义为奸臣，自然就可想而知了。
《明史·奸臣传》中共罗列了明朝二百多年时间中的十位奸臣。其中与黄宗羲处于同个时代的人物就占去了四席，他们是：周延儒、温体仁、马士英、阮大铖。这几人的最大共同点就是都与东林党有过节，其中周延儒、温体仁、阮大铖被定义为奸臣确实无可争议，但将马士英也列入《奸臣传》不得不让人质疑黄宗羲在对待历史人物的态度上，是否还具备公正客观性。在正史上夹带私货，实在是让人难以苟同。
参考文献：《明史》、《南明史》
