可是，南明的东林党和复社成员却因曾得罪过老福王朱常洵，因而害怕小福王朱由崧登基会对自身不利。于是他们利用自身影响力，极力反对拥立福王，改而支持拥立血缘关系更远的潞王朱常淓。史可法在政治上倾向于东林党，所以自然成了反对福藩，拥立潞藩的主力。史可法和东林党人提出福王有"七不可立"（贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司），而潞王贤良聪明，所以在非常时期应该采用非常办法，立潞王为君。然而从后来潞王畏敌如虎、主动降清的表现来看，他和福王朱由崧其实是半斤八两，两人都是废物点心，谁也不比谁强。因此，史可法他们所提出的潞王"贤良"之说纯粹是瞎扯。将个人恩怨和党派利益置于国家利益之上，史可法又能比马士英高明到哪里去？
后来马士英和"江北四镇"几位总兵以武力强行拥护福王朱由崧登基称帝，年号"弘光"，史称弘光皇帝。南明开局的"定策"问题终于得到解决。马士英由于"定策"有功，所以位极人臣，被封为弘光朝的内阁首辅。史可法则明升暗降，被派往江北督师"四镇"官兵。因此，弘光朝的政策制定以马士英为主，而弘光朝偏偏又是个"短命鬼"，仅存续了一年时间就被清军攻灭，所以这又成了马士英被口诛笔伐为奸臣的一个重要原因。然而大家却往往忽略了一个事实，那就是马士英和史可法在政治上虽然成为了对手，但两人在大政方针上的意见却是一致的。"联虏（满清）平寇（李自成）"是南明弘光朝的基本国策，这也是马士英和史可法的共同意见。而后来的事实证明，这项国策非常愚蠢，可以说是一手断送了南明开局的大好形势。所以在这个问题上，马士英和史可法都有不可推卸的责任，光让马士英一人背黑锅，显然有失公允。
弘光朝还有个致命问题就是东林党、复社成员不断质疑弘光皇帝的合法地位，并搞出了所谓的"南渡三案"，严重削弱了朝廷内部凝聚力和战斗力。后来清军南下，弘光朝廷被迅速推翻，很大一部分原因就是人心涣散所造成的恶果。事后，东林党、复社成员疯狂指责马士英、阮大铖等人的种种"劣行"，却选择性忽视了自己这一派人给国家造成的掣肘影响有多深。
