朱元璋虽然不是这支军队主帅，但这支军队大部分人都是朱元璋拉起来的，这也导致朱元璋对这支军队拥有实际指挥权。朱元璋夺取和县后，三次进攻对岸的重镇集庆即南京，终于在至正十六年（1356年）攻破集庆城。陈兆先部三万六千人归降，朱元璋像刘秀对付王郎降兵一样孤身进入降兵军营对其"推心置腹"，最终赢得这三万六千人的倾心追随。
这一年军队主帅郭天叙、副帅张天佑阵亡，朱元璋正式成为这支军队的主帅，红巾军领袖小明王韩林儿封朱元璋为江南等处行中书省平章。朱元璋"参加革命"4年，两次拉队伍两次交出兵权，终于建立起以南京（当时为集庆路，后改名应天府）为中心的割据政权。
2、对手太强
朱元璋有"三大对手"，即最强的陈友谅，最富的张士诚，还有雄踞燕赵的元王朝。如果说刘邦只需要击败项羽就行，刘秀甚至根本没有像样的对手，李渊的政治对手不是愚蠢的李密就是缺心眼的窦建德，最多是王世充可堪一战却只有孤城洛阳，那么朱元璋面临的政治对手则是无与伦比。
