在义熙元年(405年),蜀郡谯纵起兵示守将毛球、毛瑾、毛瑗等刘裕出兵过伐。谁称请于,又与户循暗通,并联络当时已降秦的框谦共击刘裕。刘裕部将刘宣进攻失利。义熙五年(090年)春,秦封纵为蜀王,加九锡。义熙六年(410年),征蜀都督刘道规攻杀桓谦。义熙八年(412年),刘裕以朱龄石为元帅,大败纵兵,攻克成都,谯纵自缢死。诸葛长民在刘裕出师伐刘毅的时候,以豫州刺史衔监太尉留府事。
平日骄纵贪侈,目无法纪,百姓怨声载道,怕刘裕查办他。刘毅被诛,他更加害怕,说"正像汉朝薛公说的,'往年把彭越剁成肉酱,今年杀韩信',祸患临头了。他私下问刘穆之:"一般人都说刘裕不能容我,为什么会这样?"穆之说:"他出师远征,把老母幼子委托给你,如有丝毫不信任,能这样吗?"诸葛长民才稍安心一点。诸葛长民的弟弟诸葛黎民说:"刘毅的败亡,也是值得我们怕的,应趁刘裕外出未归起事。"诸葛长民写信联络刘敬宣,刘敬宣把来信转给了刘裕。诸葛长民见力量不够充足暂未发动。
义熙九年(413年)春二月,刘裕自江陵东归,诸葛长民与公卿连日在新亭奉候。刘裕绕路潜入东府,诸葛长民往拜,刘裕与之畅叙胸怀,过去没说过的话全都说了。正当诸葛长民甚感欢悦的时候,刘裕先已埋伏的武士杀死诸葛长民。其弟、从弟均被杀。义熙十年(414年),司马休之在江陵,很得江汉一带的民心。三月,因为他的儿子司马文思擅自捶杀国吏,晋帝惩治了司马文思的党羽,而宽恕了司马文①九锡:锡,赐予。九锡据说是古代帝王尊礼大臣所给予的九种东西,名目说法不一,如车马、衣服、斧钺、弓矢、朱户(朱红漆的门)、虎贲(卫士)等,是一种极高的荣誉。王莽篡汉前,先加九锡,以后各朝掌政大臣夺取政权前都先加九锡,成为例行公事。思,司马休之上疏谢罪。并请求解除自己的职务。
