在清军向朝鲜集结期间（10~21日），日本对朝谈判出现了新的情况。首先是8月16日，不堪朝鲜的拖延政策花房义质率日军1500名抵达汉城，当面向朝鲜高宗提出了赔款谢罪等七项要求，并下达了在23日之前必须给予回复的通牒，然而大院君仍旧拒不回复。23日花房义质将驻汉城日军撤往仁川与大部队汇合，准备集合全部兵力发动大规模进攻。花房没有想到，他一怒之下的撤退正好给了清军以可乘之机。
清朝派兵的主要目的是助朝平叛，抵制日本对朝干涉，巩固在朝宗主地位。此前，张树声为了解朝鲜情况，曾委派周馥同朝鲜驻华领选使（相当于公使）金允植、鱼允中进行会谈以。作为闵氏集团成员的金、鱼两者一口咬定政变由大院君阴谋发动，并大肆渲染大院君盲目排外的形象，使清方将大院君视为对朝渗透的障碍。8月23日，利用日军撤出汉城的机会，清军迅速进驻，并于8月26日诱捕了对清军毫无防备大院君（此后被软禁在直隶保定，直到1885年才被放回朝鲜），帮助闵氏重掌朝政并迅速平定了暴动，壬午兵变至此平息。
由于对日强硬的大院君被软禁，加之清方对日采取"怀柔"政策，调解日朝冲突。8月28日，朝日谈判重新启动，双方签订《济物浦条约》和《朝日修好条约续约》。通过条约，日本获得了领事裁判权和在汉城的驻兵权，并进一步扩大了在釜山和仁川的开埠范围。
