不久之后，黄琬还是因此获罪免官。但董卓仍然看重其地位名望，不敢对其加害。在东汉末年，刘备的老师卢植等名士也曾和董卓作对。不过，因为这些名士的威望，董卓并没有昏庸到立即将其除掉。同样的道理，黄琬作为东汉名臣黄香的后人，也让董卓不敢痛下杀手。在此之后，黄琬与杨彪一同被拜为光禄大夫。光禄大夫，相当于战国时代置中大夫，汉武帝时始改为光禄大夫，秩比二千石，掌顾问应对。隶于光禄勋。魏晋以后无定员，皆为加官及褒赠之官。
对此，在笔者看来，光禄大夫是一个没有什么实权的官职。董卓之所以给黄琬、杨彪授予这样的官职，一方面有警告二人的意思，也即让他们不要和自己作对，另一方面也是在笼络他们，促使他们所在的世家望族可以支持自己。在此背景下，黄琬、杨彪也不敢继续反对董卓迁都的打算了。在这一年，董卓成功将东汉朝廷的都城由洛阳迁到了长安。在董卓迁都后，讨伐董卓的联军也因为各种原因，无法继续追击董卓了，这意味着关东诸侯讨伐董卓的行动，最终以失败而告终。在此之后，曹操、袁绍、袁术等诸侯纷纷割据一方，促使东汉进入到诸侯割据的历史阶段。
最后，在迁都长安之后，黄琬转任司隶校尉。他又与王允、吕布等人共同谋划诛杀董卓。初平三年（192年）四月二十三日清晨，董卓乘车前往皇宫计划参加皇帝的庆祝会，吕布随从护卫。当董卓车队行至北掖门外时，李肃等人持长戟冲出，刺向董卓，董卓朝服内穿铠甲，所以未伤及要害，而李肃刺伤董卓手臂，并将其刺下车来。紧接着，董卓才发现吕布背叛了自己，大骂吕布："庸狗敢如是邪！"吕布则率众人上前将董卓当场斩杀。不过，需要注意的是，虽然王允、黄琬等人谋划除掉了董卓，但是，他们并没能安抚好董卓的部下。
初平三年（192年）董卓和牛辅被杀后，李傕等将士归无所依，于是采用贾诩之谋，伙同郭汜、张济、樊稠等原董卓部曲将攻向长安。面对李傕等人的大军，虽然王允、黄琬、吕布等人全力抵抗，却还是寡不敌众。在长安被攻破之后，黄琬和王允一样，都没有逃过兵败被杀的结局。总的来说，在东汉末年，黄琬是一位位居高位的大臣，并且对汉室忠心耿耿。只是，他和王允等人一样，都没能挽救东汉朝廷，在他们被杀后，汉献帝刘协颠沛流离，汉室衰微，诸侯割据，东汉的灭亡只是时间上的早晚问题了。对此，你怎么看呢？
