苟晞同时派出骑兵，夜袭河南尹潘滔，想杀他一解心头之恨。但潘滔还是有点本事的，趁夜色竟在阿苟的骑兵中全身而退，成功逃脱。而司马越的另几个部下如刘曾、程延等却没有这么幸运，被苟晞手下捉住。苟晞也没有手软，杀之了事。
巧合的是，司马越在此内忧外患之时，在征讨石勒途中忧惧而亡，大喜过望的晋怀帝下诏加封苟晞为大将军大都督、督青徐兖豫荆扬六州诸军事。
虽然在内斗中取得了胜利，但此时已天下糜烂，时局无可收拾，后汉军各部已迫近洛阳，苟晞上表请晋怀帝迁都离开洛阳来自己的青州，他派部下刘会带船数十艘、兵士五百人、粮千斛到洛阳接晋怀帝，却因朝臣争论不休而不能成行。
没多长时间，洛阳就沦陷于匈奴后汉军了。因时事急迫，苟晞与王赞带兵出屯仓垣，意图接应到晋怀帝。
但晋怀帝却没有跑出洛阳，而是落入匈奴人之手，晋朝皇室只跑出豫章王司马端，苟晞于是尊司马端为皇太子，司马端加封苟晞为太子太傅、都督中外诸军事。
