起义虽被东汉朝廷镇压，但汉室威信自此遭遇严重打击，然而汉灵帝并未改观，反而继续享乐。于各地还不断发生小型叛乱，产生许多分散的势力，势力大的二三万人，势力小的也有六七千人。而由张燕率领的黑山贼，甚至号称从者百万。
总之，黄巾起义对于东汉末年的政局产生了深远的影响。为了尽快平定战事，中央下放军权至地方，使得黄巾起义的发动无法在全国蔓延，减缓了东汉覆亡的危机。
但是却造成了地方轻视中央，使得具有野心的将领或官员借着在镇压黄巾起义的过程中拥有兵力割据地方，为东汉末年军阀混战揭开了序幕，更为三国分立种下远因。在农民起义的打击下，腐朽的东汉王朝名存实亡，并最终走向了灭亡。
