方城和明楼是明代的创新，明以前的帝王陵墓都没有这样的建筑。在宝顶前面建造一座高大的方城和明楼，其中夹以深邃的隧道，更增加了庄严肃穆的气氛，显示出帝王的无比威严。
方城之后就是宝顶，也叫宝城，正面的石壁上横刻"此山明太祖之墓"七个楷书大字。据说这七字刻于民国初年，用以回答游人的讯问。宝城是一座近似圆形的小丘，直径从325米到400米不等，四周有砖墙，墙以条石作基础，依山就势而筑，高度约7米，墙顶厚度约2.1米。宝顶之上，树木参天，地宫位于宝顶之下。
朱元璋作为大明开国之君，择金陵"龙脉"以为葬地，这完全符合风水要义。在钟山的南面建造自己的帝陵，在钟山的背面陪葬功臣，让自己的臣子在死后也护卫着自己，南北对应，尊卑昭然。
