据说当年朱元璋建孝陵时，还有人建议迁走附近的孙权陵墓，朱元璋念及孙权乃三国英豪，便下令"留他为我看守墓道"，孙权墓才得以保留。而勘测出的孙权墓正对棂星门，两者相距仅有100米左右，与"守墓"的传说十分吻合。
明孝陵始建于1381年，翌年马皇后去世，9月安葬入陵，定名为"孝陵"。有"以孝治天下"之意，另一说因马皇后谥号"孝慈"故名。1398年，朱元璋去世后遂启用地宫与马皇后合葬。此时，明孝陵并未完全竣工。另外，孙、李两位贵妃分别葬于孝陵东、西两侧。
1402年，燕王朱棣攻陷南京，宫中火起，建文帝不知所终。诸王群臣纷纷上表劝进，朱棣在象征性的推辞两次后，于己巳日，"谒孝陵"，虽然"唏嘘感慕，悲不能止"。1405年，明成祖朱棣亲撰"大明孝陵神功圣德碑"，为父亲歌功颂德，楷书阴刻，全文长达2746字。1413年，此碑立毕，标志着历时30余年的孝陵建成。1421年，朱棣迁都北京，设南京为留都。明孝陵仍具有极高的政治地位。
