出现了一个统一王朝不曾出现的问题，那就是在前朝明英宗举行朝会，但是在后宫，朱祁钰却依然躺在卧榻之上，两个合法皇帝同在宫中。当他得知自己的哥哥复位以后，朱祁钰曾说到如此甚好。但是因两位皇帝而导致的政治斗争和政治残杀，也给明朝政治留下了不可抹去的阴影。
接下来的明世宗在位45年，前期改革激励堪称天下大治。很多奸佞宠臣全部诛杀的同时。多次下诏降低全国赋税并且休养生息，广开言论，但是到了中期以后，政治腐败，武备废弛，海盗大作，使得毒害东南十余省份的倭寇大规模发生，日益猖獗。虽然嘉靖皇帝在之后也加强了对东南沿海的防控，在其统治末年也初见成效。但是社会因此而遭到的经济损失，也难以估量，同时，明世宗在继位之初的大礼仪，明朝政治割裂成两大派系，内阁混乱现象日益严重，直接影响了明朝后期的政局。
后期继位的崇祯帝在短期内肃清阉党可以说结束了政治上的巨大混乱，但问题在于，东林党也有自己的根本弱点，相比于朝廷，他们更忠实于自身的利益。将自己的根据地东南沿海从繁重的赋税中解脱出来，摊派到全国。在上报给崇祯帝的国家政策当中，都有意无意地为东南沿海开脱。
尽可能保证自己的既得利益不受损失，曾经拥护阉党的地区，则严厉打压，加征税，再加上当时天祸不断逼得民众造反。崇祯帝多次用人失当，急于求成，致使农民起义等问题变得一发不可收拾。曾有过多次彻底平定内乱的机会，都因为其妇人之见和关外之事而被迫搁置。
