当时安丰被张士诚围得水泄不通，粮草断绝，城中人相食。刘福通和韩林儿只能求救于朱元璋。朱元璋虽然和小明王关系不大，但毕竟名义还是龙凤政权的江南行省丞相。此外，朱元璋和张士诚是死对头，朱元璋也不愿意看到张士诚的势力壮大。所以，朱元璋出兵击败了吕珍，解救了韩林儿，并将其安置在滁州，依然当做天子一样礼遇。
公元1366年，朱元璋北伐的前一年，韩林儿便去世了。有说法称是韩林儿在被朱元璋接入应天府的途中，因船翻沉入江中，身亡溺水。
《明史》：或曰太祖命廖永忠迎林儿归应天，至瓜步，覆舟沉于江云。
关于韩林儿之死，许多人都认为是朱元璋做的，毕竟此时韩林儿的地位已经大不如前了，甚至于连傀儡都算不上，毕竟在朱元璋这里，韩山童的名号已经起不到多少作用了。当初在龙凤政权，刘福通需要通过韩林儿来领导北方红巾军各大势力。
而如今龙凤政权只剩下朱元璋，朱元璋根本用不上韩林儿。至于对付江南陈友谅和张士诚，他们一个是出自天完政权，一个是盐军，韩林儿的名号对他们基本没有影响。所谓挟天子以令诸侯在朱元璋这里，已经失去了作用。
陈友谅虽然也是红巾军，但却是属于南方红巾军系统，跟朱元璋的北方红巾军不是一路的。由于北方红巾军更有祆教，也就是拜火教的特点。而南方红巾军更偏向佛教。因此这也就是为什么当南北红巾军先后起义后，这两股力量从一开始就看对方不顺眼，把对方视为敌人。
所以朱元璋杀韩林儿，没有太多顾忌。反之，如果韩林儿还活着，那么朱元璋日后称帝可就有些名不正言不顺了，毕竟小明王才是名义上的君主。当然了，此事众说纷纭，但是否是朱元璋所策划的，至今未有确切的定论。
