当然了，即使朱元璋在北方，他和韩林儿依然只是名义上的君臣。因为韩林儿本身就只是一个傀儡，龙凤政权的实际权力，还是掌控在刘福通手中。
和当初在项氏叔侄控制下的楚怀王熊心一样，韩林儿也不是太甘心做刘福通的傀儡。他在登基后，曾联合丞相杜遵道，试图掌控大权。然而刘福通并没有给韩林儿机会，他派人处死了杜遵道，自领丞相之职，掌控龙凤政权的军政大权。在此之后，韩林儿就一直是处在刘福通的控制之下，当一个傀儡皇帝，直到刘福通失败。
龙凤政权在北方声势浩大，不仅收复了原宋朝都城汴梁作为新都，还一路北上，攻入辽东，攻陷元朝上都，连京城大都都曾受到威胁。面对如此来势汹汹的红巾军，元朝政府自然是要给予最大重视，几乎所有的注意力都放在了剿灭龙凤政权身上。
这使得龙凤政权的压力陡增，而南方的朱元璋、陈友谅等势力，则趁机发展壮大。最终，在元朝的强大攻势下，龙凤政权一败再败，刘福通等北方红巾军实力大损。而朱元璋的势力因为在南方，反倒是逃过一劫，而且不断壮大，成为了龙凤政权最强大的势力，也成了韩林儿最后的依靠。
公元1363年，占据吴地的张士诚，派部下吕珍包围了刘福通和韩林儿所在的安丰。张士诚可不是红巾军，其乃是靠着江浙地区的盐商贩子起家，自成一派，号为盐军。相比于红巾军和元军的势不两立，张士诚更像是一个墙头草。他曾联合红巾军对抗元朝，也曾投降官府，攻打红巾军。当时张士诚便是元朝的太尉，拿着元朝的粮饷，帮官府剿灭红巾军。
