傅善祥的才能更加引起天王的关注。1854年3月，天王洪秀全下达诏书破格任命傅善祥为"恩赏丞相"，位列州司座次，隶属天王府六部，主要职责仍旧是辅佐东王处理政务。天王多次想招傅善祥进天王府帮忙，但均被东王已多种理由拒绝。太平天国定都天京后，农民领袖们就迷失了方向，开始日益腐化，贪图享乐。华丽的王府、前呼后拥，天王妻姜至少88人，东王竟有妻妾66人。傅善祥不仅聪明，样貌也很出众，后来，杨秀清就把傅善祥纳为己有。
随着天王、东王矛盾的加大，"天京事变"终于爆发。东王杨秀清掌握大部分军政实权，日益骄傲专横，1856年江南大营被打垮之后，杨秀清更逼洪秀全到东王府封其万岁，野心实在是太明显了。洪秀全密令韦昌辉和石达开回部对付杨秀清。
9月1日，韦昌辉带领3000精兵包围了东王府，将杨秀清以及他的所有家人都杀了。4日，韦昌辉诱杀在天京的东王的部下各级人员以及他们的家属5000人。东王部属起兵反抗，双方展开了血战，历时两个多月，双方一共被杀二、三万人，太平天国中许多中上层干部都死于这场自相残杀的内乱之中。天京城内大屠杀，尸横遍野。
