在当时南方，有能力，并愿意拥护南明的，也只剩下在云贵地区的孙可望。孙可望原本是李自成的部下，李自成战败后，孙可望带领残余的军队逃到了贵州，在得到黔国公沐天波支持后(沐家长期镇守云南)，逐渐在云贵地区扎稳脚跟。
而马吉翔此时看到南明衰弱，孙可望势力庞大，甚至想劝孙可望称帝。为此，他还杀了不少南明不少大臣。这造成了南明进一步实力的衰弱。
到后来孙可望投降，南明末代皇帝被迫从云南迁往缅甸时，情况十分悲惨。此时一帮南明君臣，往往连饭都吃不饱了。皇帝甚至摔了金印玺分给大臣。而南明剩下的这些残兵败将，到了缅甸后，愈加跟土匪没有区别。掠夺民女，皇帝也不被放在眼里。一开始时，缅甸还多少愿意为他们提供些粮食。
到了后来，不仅断了补给，还把他们诱骗囚禁起来，马吉翔跟沐天波等一帮大臣都被杀了。至于南明的末代永历皇帝，也被囚禁起来，送往清军，不久后遇难。晚明凄惨如此，令人悲痛。
