马吉翔担任锦衣卫指挥使的时候，明朝已经陷入快要亡国的境地。崇祯皇帝早已自缢煤山，在南京建立的南明小朝廷也被清兵攻破，南明在福建重新建都称帝，继续抵抗清朝南下。当时马吉翔原本从广州押解军饷到福州给皇帝。因为自称世代都是锦衣卫，所以被留下来，担任锦衣卫的职位。
南明的情况已经十分危急，有人愿意投靠，自然还是好事。不过，马吉翔却是个没什么本事的人，他只会把其他将士的军功记载自己头上，从而换取升迁的机会。这样一个人，就是一颗老鼠屎，早晚坏了一锅粥。南明在福州并没有支撑太久，便再次迁都，在广州重新立足。
当时南明重新立足，急于找到有实力的功勋将领支持自己。于是，马吉翔被锦衣卫指挥使，后来更是被封为永安侯。此时南明局势更加危急，后来又从广东一路逃亡广西南宁，才勉强立足。
