此门的名字随着朝代的更替而变迁。1644年，李自成进入北京后，于四月初一将此门改名为"大顺门"。不久，李自成兵败，大顺门的匾额也未刻成。同年清军入关，它又被顺治帝改名为"大清门"。门匾由石头作的，青金石琢制成字，镶嵌在石中。
清朝时，大清门具有非常高的地位，仅有以下两种情况才可以打开。一是皇帝大婚时，只有皇后的轿子才能从大清门进入紫禁城，其他嫔妃的轿子只能走后门神武门。二是遇见太上皇、太后、皇帝、皇后路过时，此门才能开启。
"辛亥革命"一周年前夕，许多人认为更改大清门的名字也应该提上日程了，并建议将此门的名字改成"中华门"，孙中山批准了这个提议。但大清门的匾额是用重达15公斤的石头雕刻而成，十分坚固，字体都镶嵌在石头中，不易拆除。如果重新找一块石头制成匾额劳民伤财，政府刚刚成立，会给百姓留下不好的印象。
于是，孙中山决定重复利用石板，在它的背面重新刻字，如此一来，会减少很多麻烦。当匾额被拆下来时，孙中山却傻眼了。没想到顺治帝和自己的想法一样，他将明朝大明门的石板翻过来，刻上"大清门"三个字，制成了"新"的匾额。
石板两面都被用了，无奈之下，孙中山只好命人重新赶制了一块木匾，由京兆尹王冶秋题写"中华门"，挂在檐下。大清门的石匾被交由文化部社会文化事务管理局保存，后被移交到首都博物馆收藏。
