公元193年，曹操以报父仇为由，进攻陶谦的徐州。此战之中，凶悍的青州兵立下了头功，击溃陶谦的精锐部队--丹阳兵。此时青州兵刚刚归附曹操，杀戮之心尚未收敛，因此他们对徐州百姓进行了残忍的屠杀。据《后汉书》记载，徐州有数十万百姓被杀，泗水为之不流。而这次大屠杀，成为曹操洗不清的污点。曹操曾说："宁教我负天下人，不叫天下人负我。"真一点也没说错。其后曹操屡次屠城，很多其实都是青州兵的手笔。
青州兵虽然强悍，但毕竟曾是乌合之众，如果遇到真正强大的对手，就很难应对，而且青州兵很难打逆风战。由于青州兵大多是步兵，因此他们非常惧怕骑兵的冲击。公元194年，曹操二攻陶谦，结果陈宫勾结吕布造反，占领曹操的根据地--兖州。随后，曹操回师与吕布交战。在战斗中，吕布率领并州铁骑猛冲青州兵，很快便摧垮了对方的阵营。青州兵见形势不妙，立即疯狂逃窜。曹操走投无路，被迫策马穿过战火，不想却跌落在马下，烧伤了左手掌。后来，他在部将的保护下，才勉强保住了性命。
青州兵不仅不善于打硬仗，有时还会给自己阵营拖后腿，甚至会攻击自己人。曹操在宛城降服张绣后，一时间得意忘形、旧病复发，竟公然与张绣婶婶私通。张绣在贾诩的撺掇下，向曹操发动奇袭，杀死了典韦、曹昂和曹安民，连曹操也差点死在乱军之中。为了解救曹操，于禁赶忙率兵前来支援。一路上，遇到十多名赤身裸体的曹操士兵。于禁一问才知道，原来青州兵贼性不改，他们趁己方阵营战败，竟肆意劫掠自己的战友，将他们扒个精光。
虽然青州兵做出了如此暴行，但曹操最终还是宽恕了他们，但从此也不再重用青州兵团，并逐渐将他们转化为真正意义上的屯田兵。例如在官渡之战中，曹操的手下才万把士兵。在这场决定阵营命运的战争中，曹操可不敢让青州兵这个"定时炸弹"再出来捣乱。
