同治五年，又偏偏欲上了大旱灾，"民皆相向而哭，以早死为祝"。在这种情况下，清军的补给变得异常困难，左宗棠必须"求速效一定之局"。
"自古用兵关塞，莫不以就地取材为主"，然而左宗棠所率皆为湖湘子弟。同治四年，朝廷命鲍超赴新疆平乱，湘军从江西走到武昌附近，十八营人马几乎全军溃散。湘军名将刘松山赴陕西平捻时，部队在南京不愿渡江，迫不得已正法数人才勉强得以开拔。
这些教训就在眼前，不得不让左宗棠心忧，更何况南人不习北战。义军多为马队，湘军多为步兵，战斗力在无形之中就被损耗掉。左宗棠的好友王柏心曾为他献计，匪首剿灭后，剩下的残部要"简彼族良善者，使自相什伍，加之约束，无复阑出滋扰，如此可保百年无事。"
在西北日久，左宗棠也深感民族问题实在棘手，他曾说"陕回之祸，由于汉、回构怨已久，起衅之故实自汉民"，民变很大程度源于官府的错误政策激起的。马占鳌为河州花寺门教派的大阿訇，在西北颇有威望，由他来负责处理这些问题，将大大减轻朝廷的负担。
所以当马占鳌诚心求抚时，左宗棠立刻采纳了王柏心的建议。历史的发展也正如王柏心所料，马占鳌及其长子马安良迅速扑灭各地叛乱，民族和宗教矛盾在他们的调解下也得到了有效缓解。唯一的遗憾是马氏父子渐成尾大不掉之势，最后成了荼毒西北的马家军。
