但最终攻入紫禁城内的天理教徒因为人数太少，被随后赶来数千清兵尽数围剿，通过在紫禁城里连续三天的搜索，最终除了战死者还抓获了三十多名天理教众。
回到紫禁城里的嘉庆皇帝面对这样的局面惊呼："我大清以前何等强盛, 今乃致有此事!"并发布"罪己诏"，称此次"紫禁城之变""酿成汉唐宋明未有之事，较之明季梃击一案，何啻倍蓰。思及此，实不忍再言矣。"
这次攻入紫禁城造成的震撼，以至于事件平息数日后王公大臣，后宫嫔妃，兵丁太监还惊魂未定，一提起此事便心惊肉跳，谈虎色变。甚至太监给吓得大庭广众都忘记了主子和奴才之间的礼仪，以至于嘉庆皇帝不得不给他们服用避邪丸药安神。
最终天理教的首领林清在9月23日，由嘉庆皇帝亲自审问后处死，另外三百多人分别遭到了凌迟、锉尸、斩绞、杖徒流刑以及发配边疆为奴等刑罚。
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