此后的孙之獬流离失所。16年后，孙之獬被清朝召去为官，封了个礼部右侍郎。孙之獬兴高采烈，对清朝皇帝感激涕零。为了报答清军的恩惠，于是孙之獬提出了剃发令。以示自己对清朝忠心耿耿。没想到那些满清大臣反而因此看不起他，笑他是软骨头。顺治二年(1645年)六月，清政府颂布"剃发令"，规定"留头不留发，留发不留头"，不从者治以军法。清廷推行"剃发易服"的态度非常坚决，对反对者的处罚极其严厉。
降清后一直深受多尔衮信任的汉臣陈名夏只因私下议论"只须留头发、复衣冠，天下即太平矣"，即遭人弹劾，并被处以绞刑。"身体发肤，受之父母，不得毁伤"，对于一直以孔孟伦理为原则的汉人来说，衣冠发型比命还重。不过后来的清朝仍然成功的实施了剃发令。当时的孙之獬提出了剃发令，此后上书皇帝。
看到这样的奏折后，皇帝很高兴，同时多尔衮更是高兴。其后剃发令成功实施，但是为此付出生命的汉人不计其数。《思文大纪》记载："时剃头令下，闾左无一免者；金钱鼠尾，几成遍地腥膻。"那么孙之獬最终结局如何呢？"剃发令"颁布的第三年，孙之獬因受贿卖官被弹劾，又一次被革职遣还老家淄川。当时山东谢迁等人起义，攻入淄川城后，将孙之獬一家男女老少全数杀死。
