此后的孙之獬流离失所。16年后,孙之獬被清朝召去为官,封了个礼部右侍郎。孙之獬兴高采烈,对清朝皇帝感激涕零。为了报答清军的恩惠,于是孙之獬提出了剃发令。以示自己对清朝忠心耿耿。没想到那些满清大臣反而因此看不起他,笑他是软骨头。顺治二年(1645年)六月,清政府颂布"剃发令",规定"留头不留发,留发不留头",不从者治以军法。清廷推行"剃发易服"的态度非常坚决,对反对者的处罚极其严厉。
降清后一直深受多尔衮信任的汉臣陈名夏只因私下议论"只须留头发、复衣冠,天下即太平矣",即遭人弹劾,并被处以绞刑。"身体发肤,受之父母,不得毁伤",对于一直以孔孟伦理为原则的汉人来说,衣冠发型比命还重。不过后来的清朝仍然成功的实施了剃发令。当时的孙之獬提出了剃发令,此后上书皇帝。
看到这样的奏折后,皇帝很高兴,同时多尔衮更是高兴。其后剃发令成功实施,但是为此付出生命的汉人不计其数。《思文大纪》记载:"时剃头令下,闾左无一免者;金钱鼠尾,几成遍地腥膻。"那么孙之獬最终结局如何呢?"剃发令"颁布的第三年,孙之獬因受贿卖官被弹劾,又一次被革职遣还老家淄川。当时山东谢迁等人起义,攻入淄川城后,将孙之獬一家男女老少全数杀死。