彼时的朱元璋初来江东，地寡兵少，正是需要立威的时候，怎么能容忍背叛？于是整军来战，却大败而归，反被朱亮祖俘虏四千余人。不久，朱元璋又来进攻宁国，又一次被朱元璋击败，被俘两千余人，朱元璋手底下的将领都束手无策。这种情况下，稍微有点理智的主将都知道要避其锋芒，不能让宁国成为己方的绞肉机，所以朱元璋放弃讨逆，转而东进图谋集庆（南京）。第二年，朱元璋占领集庆，暂时解除张士诚的威胁后，派出徐达、常遇春二员大将领军，以优势兵力昼夜围攻宁国，但即使实力相差如此悬殊，宁国仍然没有被攻下来，常遇春反而还被打伤，徐达一筹莫展，最后还是朱元璋亲自出马（亲往督战），方才俘获朱亮祖。面对这样一员猛将，朱元璋也是爱才心切，并没有追究其叛降之罪，仍然允许他投降。
朱亮祖再次归附朱元璋，跟随朱元璋攻南昌、克九江、战鄱阳、下武昌，所战无不奋勇先登，积功累升为指挥使。又在东线与张士诚的战场上大破张士诚手下头号大将李伯升。朱元璋称帝后，朱亮祖以征南副将军的身份率军南下，收取两广地区，得胜还朝不久，被封为永嘉侯，世袭罔替，后来又被派往广东镇守。朱亮祖"勇悍善战而不知学"，意思就是有点二杆子莽夫，不会韬光养晦，在广东期间勾结当地豪强多行不法。在被番禺知县道同告发后，竟然诬陷道同，导致道同被杀，后来朱元璋醒悟过来，把朱亮祖召回朝，当廷与其子一起鞭死。
