尽管这条条令非常残酷，但百姓依旧不接受满人的统治，在这种情况下，凡是清军所到之处，必定有不少无辜百姓惨死，根据记载，1645年4月，十万清军在多铎的带领下，南下攻打扬州，而扬州守卫仅2万人，4月24日，清军开始攻城，十斤重的炮弹落在城墙上，顿时就将部分守城兵给炸飞了。
5月20日，扬州城门打开，守将史可法带领士兵与清军徒手作战，最终因势单力薄而失败，而清军在攻下扬州城后，多铎下令屠城，十日后收兵，根据统计这场战役过后，扬州城将近80余万人遇难，史称扬州十日。同年，清军攻破嘉定后，于6月12日颁发剃发令，要求汉人与满人一样，留阴阳头，但却遭到了数万名农民乡绅的反抗，于是清军首领李成栋就下令屠城。
6月15日，这场为期三天的屠城最终在李成栋的失败下结束，虽然百姓损失严重，但也斩杀了84名清兵，这才让李成栋感到害怕，慌忙逃走，18日，李成栋继续搬来救兵，展开了第二次屠城，这一次差不多1604名百姓遇难，7月1日，李成栋带领清兵进入娄塘镇，又下令屠杀了1073名百姓，直到闰6月初，清军前后三次对嘉定百姓展开了围攻，一共牺牲2万多人，史称嘉定三屠。
