在衣袍上留下一句"朕自登基十七年，虽朕薄德匪躬，上干天怒，然皆诸臣误朕，致逆贼直逼京师。朕死，无面目见祖宗于地下，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人"后，便自刎而亡，他死后，明朝上百名大臣和其子女也随之而去，三月二十一日，崇祯帝的尸体被发现，随后被抬到东华门示众。
根据记载："诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之"，由此可见，明朝的灭亡并不是没有原因的，而在最后一次召开内阁会议时，崇祯帝就忍不住怒骂，说自己并非亡国之君，但这些导致明朝灭亡的臣子们，却都是亡国之臣，可见他心中有多悲愤。
在明朝灭亡这一年，刚好是清顺治帝登基的第一年，清军派吴三桂带领八旗兵前往山海关击退李自成，1644年，10月，清朝正式定都北京，这个时候李自成与张献忠的势力依然活跃，顺治帝是清朝入关后的第一位皇帝，在北京定都后，他曾到过崇祯帝的坟前祭拜，并哭着大喊"哥哥"，这让很多人意外，难道崇祯帝还是女真族后人？
其实这并不难理解，当时的清军属于满人入关，那个时候还没有实行满汉一体的政策，所以受到了全国百姓的抵触，农民起义军更是奋力抵抗，势要将清军赶出关外去，而在这种情况下，清廷就不得不采取强制镇压手段，本就处于水生火热中的百姓这一下被打压的更加悲惨了，只要是被清军发现有反抗和抵触行为的，一律被处死。
