从当时的形势来看，章邯无疑已经完成了逆转乾坤的不世之功。只要照此下去，义军的燎原烽火很可能就将被逐步扑灭。然而，凡事往往都会有意外。就在章邯率军包围巨鹿，准备围点打援之际，大后方却出问题了。
当时宦官赵高把持朝政，疯狂迫害一切对手。章邯在前线节节胜利的消息对秦王朝来说无疑是天大的利好，但对赵构来说却并没那么令人振奋。因为随着章邯的战功越来越大，他在朝廷中的地位也会水涨船高，从而可能会危及到赵高的地位。因此，赵构便利用手头权势去掐章邯军队的"脖子"，比如限制后勤供给，下令调配军队布防等等。如此一来，秦军战斗力大幅减弱。
就在章邯被赵高折腾得死去活来时，项羽率楚军抵达巨鹿。项羽是中国历史上"战神"级的人物，当世无人能与之匹敌。章邯一方面受朝廷掣肘，一方面又要面对项羽大军，其压力可想而知。不过即便如此，章邯和项羽还是在巨鹿对峙了长达八个月时间。后来章邯眼看朝廷环境愈加恶劣，自己势必难逃被赵高整死的命运，于是决定带着二十万秦军投降项羽。
秦朝灭亡后，项羽分封诸侯。章邯和他原来的手下司马欣、董翳，分别被册封为雍王、塞王、翟王，原秦国故土一分为三作为三人的封地，"三秦"名称由此而来。
