汉武帝征和二年（前91年），丞相公孙贺之子公孙敬声被人告发以巫蛊之术诅咒汉武帝，并与阳石公主通奸，结果导致公孙贺和公孙敬声父子被杀，诸邑公主与阳石公主、卫青之子长平侯卫伉皆坐诛，卫氏在朝廷内部的政治盟友也因此事而损失殆尽。
之后，汉武帝任命宠臣江充调查巫蛊之事，而江充因与太子刘据有隙，遂趁机陷害太子，刘据恐惧之下，又因无法面见汉武帝，遂起兵诛杀江充，后遭武帝镇压兵败，皇后卫子夫和太子刘据相继自杀，而另有两位小皇孙一同遇害。同时，刘病己的祖母史良娣、父亲刘进、母亲王翁须和姑姑皆在长安遇害，唯独襁褓中的刘病已逃过一难，但却被收系在官狱中。
后元二年（前87年），汉武帝刘彻驾崩，汉昭帝刘弗陵继位。汉武帝临终前则留下遗诏，要求将刘病已收入掖庭抚养，并将其录入皇家宗谱，这等于是承认了自己这位可怜曾孙的身份。掖庭令张贺曾为刘据家吏，因此对刘病已极为关照，不仅生活起居毫不懈怠，还自己出钱供刘病己读书，刘病己便就此一天天的长大了。
元平元年（前74年）四月，汉昭帝刘弗陵驾崩，因死后无子，大将军霍光等便拥立昌邑王刘贺为帝，然而刘贺在位仅仅几十天，便又被霍光废黜。原为霍光属吏、时任太仆的杜延年，因儿子杜佗素与刘病已交好，因而知道刘病已的性格、学识、品德都是上佳之选，便劝霍光立刘病已为帝。
