隆武政权结束后，桂王朱由榔在广东被拥立，建立了永历政权，成为了一定流亡的南明政权。由于清军的进攻，朱由榔逃往广西。而唐王朱聿鐭又在广东建立了绍武政权，又出现了同室操戈的局面，结果，绍武政权在40天后就被清朝所灭，清朝从两湖推进到了广东。此后，永历成为了南明的唯一旗号。由于南明、大顺、大西和郑氏四大势力后来采取了相对合作的政策，使得反清运动也出现了两次高潮。
1647年到1648年，李自成余部的郝摇旗、刘体纯、李过、高一功等进入了湖南，和南明残余势力的何腾蛟、堵胤锡联合起来，收复了湖南省。随后。清朝控制的江西、广东（李成栋）、广西（耿献忠）等地区相继回归南明，一时间永历政权名义上控制了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省。然而，永历政权缺乏统一的指挥，内部党派之争也十分严重，这就导致这种局面无法继续维持。1649年，清军攻陷了南昌，同时何腾蛟在湖南被杀，李成栋也坠马淹死。于是，第一次反清高潮结束。
永历第一次反清高潮地图
