后，刘湘将军便在阵前病逝，但郭勋祺继承了刘湘将军的遗志，开始了抗日之旅，在这段时期，他和新四军将士互相搭配，做了很多好事，为抗日战争做出了重大贡献，新四军与郭勋祺合作无间的行为，引来了国民党军的敌视。
蒋介石以''作战不力''撤去郭的军职，随后被送回重庆，而且进行了软禁，直到皖南事变之后，他真正撤职的原因才爆出，原来是因为他不愿把对准敌人的枪口对准自己的友军新四军。
抗日战争胜利后，蒋介石发动了国共内战，郭勋祺没办法只能参战，最终在襄樊战役中被俘虏。最终留在了大陆。
建国后，还担任了四川省人民政府委员兼交通厅副厅长，四川省水利厅副厅长、省体委副主任、省人大代表等职。1959年，这位爱国将领在成都病逝，享年64岁。
