刘裕不仅拒绝了慕容超让他死心，还故意让后秦撤走的军队，从城外经过，以示无人会支援他南燕了，希望慕容超早日放弃挣扎。慕容超还是有些许的不死心，于是在义熙六年之时，他的将领挖地道出来，出击晋军，准备做拼死的挣扎，但是刘裕从未放松过警惕之心，轻松迎战，彻底击败了南燕。刘裕以南燕拒绝投降的理由，向城内进攻，击杀南燕卑族王公三千余人，将慕容超押送回京师，在建康之地斩首，以示天下众人，南燕灭亡。
这就是东晋以来，众多北伐的唯一一次胜利，也正是这次战争彻底奠定了刘裕在东晋的地位，同时刘裕也为自己积累了很多势力，在战争中得到了民心和一定的兵权，同样收获了很多作战经验，更是收获了地位上的晋升。此时的刘裕仿佛不再是刚入军队时的那般迷茫，他心里的远大抱负仿佛更加清晰的指引着他不断地前行，不断的向自己的目标靠近，刘裕也开始意识到自己不仅仅是那个臣服在别人麾下办事的小将士，也可以是统领数万人的将领，而今后更可能是坐在庙堂之高的帝君。也许刘裕最初的梦想就是在此时开始改变的，他对于未来的人生跃跃欲试，渴望站在自己力所能及的最高点，展现自己的才华，而非故步自封。
