9月28日，康广仁、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第6人被判斩立决，在宣武门外菜市口公开行刑，史称"戊戌六君子。"慈禧太后为了表达对维新志士的痛恨，特意嘱咐要用"大将军刀"行刑。古代刑场上的规矩非常讲究，同样是砍头之罪，行刑的刀具却分为多种。清代最有名的就是"大将军刀"和一个"五件套"，这五件套分别以大爷，二爷，三爷，四爷，五爷命名，他们所用的材质不同，斩首的对象也不一样。
如果只是普通的老百姓犯法，通常都采用快刀，一刀下去人头落地，这样的犯人也不会受太多的痛苦。但是对于朝廷大员、贪官污吏行刑时，往往会用钝刀来泄恨。所谓的"大将军刀"就是一把没有刀刃的钝刀，慈禧太后对维新派人士极为痛恨，因此刻意强调要用钝刀来行刑。
第一个被杀的是康有为之弟康广仁，最令慈禧太后痛恨的康有为逃出生天，故而把其弟排在首位，第五个是抱着必死之心的谭嗣同，在亲眼目睹了前面四位同伴被钝刀砍得血肉模糊的情况下没有丝毫畏惧，行刑前就已在狱中留下了"有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉"的豪言壮语。
据亲历刑场的胡七在《谭嗣同就义目击记》中记载，"头一刀杀康广仁，轮到第五刀，天哪！才轮到我们谭先生的头上。前清杀官员的刀和杀平民的刀不同，官越大刀越钝。这不叫砍头，叫锯头，锯头比砍头的痛苦要添上几十百倍的。而对这痛入骨髓的惨状，第五个受刑的谭先生，一直是若无其事的样子，砍了30多刀才断气。"年仅33岁。
由于清廷不让犯人家属立即收尸，当天深夜，好友大刀王五、通臂猿胡七等人趁夜色潜入刑场，将谭嗣同遗体用草席包裹运回浏阳会馆，将头颅与身子缝合到一起之后装棺入敛。王五在自己家中设置灵堂，接待前来吊唁的友人，还亲自护送灵柩至湖南浏阳妥善安葬。
