虽然是初次见面合作，但刘裕非常信任刘穆之，而刘穆之不仅能力超群，而且忠心耿耿，两人一主内，一主外，相得益彰。
当时晋朝朝纲松弛，士族权贵仗势横行，政令法令繁琐混乱，百姓无所适从，乱象丛生，刘穆之根据实际情况，分清轻重缓急，逐条梳理改正，并建议刘裕带头遵从，仅十来天，政风民风就大有改观，大大提升了刘裕的威望。
刘裕更加信任刘穆之，重大事情全部征求刘穆之的意见，小事情直接让刘穆之作主处理，刘穆之也是尽心尽力，没有一点遗漏和隐瞒，全都处理得妥妥当当。刘裕北伐南燕，平定卢循叛乱，刘穆之都随军跟从，及时出谋划策，帮助决定要事，刘裕每次都采纳。史载："穆之内总朝政，外供军旅，决断如流，事无拥滞。"（《宋书》）内管政务、外理军务，解决问题有条不紊，什么事情都不耽误。
当时，刘裕掌权，事务繁多，府中经常人满为患，刘穆之竟然能一边眼睛看着文件，一边手写答复信件，一边耳朵听汇报，一边嘴里当场答复，眼手耳口同时并用，还不互相混淆错乱，应酬自如，处理得当，"目览辞讼，手答笺书，耳行听受，口并酬应，不相参涉，皆悉赡举。"（《宋书》）简直如有神助。
