而刘裕在称帝后，他抑制士族，重用寒门，他也很担心士族势力因为不服自己的政策选择扶持司马氏叛乱，使得司马氏政权会死灰复燃，对于他来说只有赶尽杀绝才是最保险的，这样让想造反的士族没有任何借题发挥的机会。
再者当时还有一个相当现实原因，刘裕称帝时五十七岁，他深知自己时日无多，而自己的接班人宋少帝刘义符才十七岁，而且心智未开还是个只知玩耍嬉戏的孩子，实际懂得的还不如十七岁的少年，为了儿子着想他也得杀光司马氏以免以后出现后患。
当然也有报复的原因，自己怎么地也是刘氏子孙，蜀汉司马氏派钟会、邓艾灭的，杀光司马皇室颇有复仇司马氏、拉拢刘氏子孙的意思。他对司马氏做的越狠，证明他是真的对司马氏越恨，世间人就越认同他与刘氏关系密切，是正统刘氏子孙。
因此刘裕将司马懿后代灭族理性来说是出于自己统治的需要，感性来说是为了报复。
不过风水轮流转，在刘宋末年，刘裕的后代、也是刘宋最后一位皇帝宋顺帝刘准被迫禅位给了齐王萧道成。当时萧道成派大将王敬则率军入宫，宋顺帝刘准当时年仅十三岁，看到王敬则带这么多人很害怕，于是询问王敬则自己是不是要死，王敬则冷冷答复："只是让您到另外的宫殿中居住，您家先前取代司马氏一家（指刘裕代晋建宋事）也是这样做的。"
这意思就是结局和司马德文一样，先到外面住一段时间，接着被杀死。听完这句话后，刘准自己也深知已无存活的可能，于是流泪说："但愿我今后生生世世永不再生在帝王家中！"果然萧道成称帝不久后，刘准便被杀害。刘裕当初为了巩固统治，开了先例，灭了司马氏，而不曾想到后来自己的子孙也尝到了这样的苦果，令人唏嘘！
